Alisher Navoiy 1441-yil 9-fevralda Amir Temurning oʻgli Shohruh Mirzo shohligi davrida Hirotda tugʻildi. Zamondoshlari u haqida koʻpincha „Nizomiddin Mir Alisher“ deb yozadilar. Nizomiddin — din-diyonat nizomi degani boʻlib, donishmand mansab egalariga beriladigan sifat, „mir“ amir demakdir. Uning otasi Gʻiyosiddin Muhammad (uni Gʻiyosiddin Kichkina ham der edilar) temuriylar saroyining amaldorlaridan, xonadonning ishonchli kishilaridan edi. Onasi amirzoda Shayh Abusaid Changning qizi boʻlgan, ismi maʼlum emas. Alisherning bobosi Temurning oʻgʻli Umarshayx bilan emakdosh (koʻkaldosh) boʻlgan ekan. Buyuk shoir oʻz asarlarida bu qutlugʻ dargohga yaqinligidan iftixor etishini bayon qiladi. Shuningdek, uning tarjimai holiga oid ayrim lavhalar asarlarida uchraydi. Bu shaxs toʻgʻrisidagi baʼzi maʼlumotlarni esa uning zamondoshlari oʻz kitoblarida tilga oladilar. Alisher saroy muhitida yashaganligi uchun alohida tarbiya va nazoratda oʻsgan. Kichiklik chogʻidan sheʼr va musiqaga ishqi tushgan. Olim-u fozillar davrasida boʻlgan. Uch-toʻrt yoshlarida davrining mashhur shoiri Qosim Anvorning bir sheʼrini yod aytib, mehmonlarni hayratga soladi. Bir yildan soʻng uni maktabga beradilar. U boʻlajak sulton Husayn Bayqaro bilan birga oʻqiydi. Uning zehni va iqtidori haqidagi gaplar esa el orasida tarqaladi. 1447-yilda Shohruh Mirzo vafot etib, temuriy shahzodalar oʻrtasida taxt uchun kurash boshlanadi. Hirot notinch boʻlib qoladi. Alisherning oilasi Iroqqa yoʻl oladi. Yoʻlda, Taft shahrida Alisher zamonasining mashhur tarixchisi, „Zafarnoma“ning muallifi Sharafiddin Ali Yazdiy bilan uchrashadi. Alisher xonadoni 1451-yilda Hirotga qaytadi.